棉子糖在自然界植物中广泛存在，在很多蔬菜（卷心菜、花椰菜、马铃薯、甜菜、洋葱等）、水果（葡萄、香蕉、猕猴桃等）、稻谷（小麦、水稻、燕麦等）一些油料作物的籽仁中（大豆、葵花籽、棉籽、花生等）都含有数量不等的棉子糖；其中棉籽仁中棉子糖的含量达4-5%。人们熟知的功能性低聚糖--大豆低聚糖中的主要成分之一就是棉子糖