木瓜蛋白酶（Papain），又称木瓜酶，是一种蛋白水解酶。它是由212个氨基酸组成，分子量为21000，属于含硫基（——SH）肽链内切酶。

广泛地存在于番木瓜的根、茎、叶和果实内，其中在未成熟的乳汁中含量最丰富。

木瓜蛋白酶的活性中心含半胱氨酸，属于巯基蛋白酶，它具有酶活高、热稳定性好、天然卫生安全等特点。